헐버트 선교사가 1886년 여름 서울에 도착했을 때, 그의 신분은 조선 최초의 국립 근대식 학교인 육영공원의 교사였습니다.
그는 처음 1년여 동안 장로교 선교사였던 언더우드와 한 집에서 살았으며, 아펜젤러를 비롯한 많은 선교사들과 교파를 초월하여 교류하며 선교사들 간의 소통을 도왔습니다. 또한 감리교회와 장로교회의 이해관계를 조정하고 선교사들에게 진실한 조언을 아끼지 않았습니다.
그러나 1891년 조선 육영공원 운영이 어려워지자 헐버트는 미국으로 돌아가게 됩니다. 아펜젤러는 미국 감리교회 본부에 헐버트를 조선 선교사로 추천하였고 1893년 10월 감리교 선교사의 자격으로 다시 조선에 오게 되었습니다.

이후 그의 선교 영역은 더욱 확장되었습니다. 배재학당에서 학생들을 가르치기 시작했으며, 감리교 출판기관인 ‘삼문출판사’를 책임 맡는 동시에 볼드윈 예배소(현 동대문교회)를 책임 맡았습니다. 이승만, 주시경, 서재필 등이 헐버트에게 많은 영향을 받았습니다.
그는 교육자이자 선교사로서 조선 근대교육의 기틀을 다졌으며, 한글 대중화를 위해 많은 연구를 했습니다. 또한 세계 각국의 지리와 사회문화에 대해 가르치고 교과서를 만들며 조선 사람들의 세계관을 넓혀주었습니다. 그는 복음 전도를 위해, 교육, 사회활동, 문화운동 등 여러 방면에서 활동했습니다. 이러한 선교 방법을 ‘통전적 선교’라고 합니다.